Aperçu: G.M.
CONTEXTE:
Les "troubles du spectre de l'autisme" (TSA) touchent de nombreux enfants avec une prévalence estimée à 1%. L'hybridation génomique comparative (CGH) offre une sensibilité significative pour l'identification des anomalies chromosomiques sous-microscopiques et constitue l'une des techniques les plus utilisées dans la pratique quotidienne.
Les "troubles du spectre de l'autisme" (TSA) touchent de nombreux enfants avec une prévalence estimée à 1%. L'hybridation génomique comparative (CGH) offre une sensibilité significative pour l'identification des anomalies chromosomiques sous-microscopiques et constitue l'une des techniques les plus utilisées dans la pratique quotidienne.
L’objectif principal de cette étude était de décrire l’utilité de la matrice-CGH dans le diagnostic étiologique des TSA.
METHODES:
Deux cent cinquante-trois patients admis en consultation externe neurogénétique et diagnostiqués TSA ont été sélectionnés pour le array-CGH (4 x 180K microarrays). Les bases de données publiques ont été utilisées pour la classification conformément aux normes et directives de l'American College of Medical Genetics.
RÉSULTATS:
Environ 3,56% (9/253) des variations du nombre de copies (VNC ) ont été classées comme pathogènes. Lorsque des VNC probables étaient considérées, le taux augmentait à 11,46% (29/253). Certaines VNC apparemment non corrélées au TSA ont également été trouvées.
METHODES:
Deux cent cinquante-trois patients admis en consultation externe neurogénétique et diagnostiqués TSA ont été sélectionnés pour le array-CGH (4 x 180K microarrays). Les bases de données publiques ont été utilisées pour la classification conformément aux normes et directives de l'American College of Medical Genetics.
RÉSULTATS:
Environ 3,56% (9/253) des variations du nombre de copies (VNC ) ont été classées comme pathogènes. Lorsque des VNC probables étaient considérées, le taux augmentait à 11,46% (29/253). Certaines VNC apparemment non corrélées au TSA ont également été trouvées.
Considérant une corrélation phénotype-génotype, les patients ont été divisés en deux groupes. Un groupe selon la littérature précédente inclut tous les VNC liés aux TSA (23 VNC présents chez 22 enfants) et un autre à ceux apparemment non liés aux TSA (10 VNC présents chez 7 enfants). Chez 18 patients, un panel de séquençage de prochaine génération (NGS) a été réalisé. Parmi ceux-ci, une variante pathogène et 16 variantes de signification incertaine ont été identifiées.
CONCLUSION:
Les résultats de notre étude sont conformes à la littérature, soulignant la pertinence de la matrice-CGH dans la génétique du diagnostic de la population de TSA, notamment lorsqu'elle est associée à d'autres caractéristiques.
CONCLUSION:
Les résultats de notre étude sont conformes à la littérature, soulignant la pertinence de la matrice-CGH dans la génétique du diagnostic de la population de TSA, notamment lorsqu'elle est associée à d'autres caractéristiques.
Notre étude renforce également le besoin de complémentarité entre les panels array-CGH et NGS ou le séquençage d'exome entier dans le diagnostic étiologique des TSA.
Neuropediatrics. 2019 Aug 9. doi: 10.1055/s-0039-1694797.
Identification of Copy Number Variation by Array-CGH in Portuguese Children and Adolescents Diagnosed with Autism Spectrum Disorders
Monteiro S1,2, Pinto J1,3, Mira Coelho A4, Leão M1,5, Dória S1,3.
Author information
- 1
- Department of Genetics, Faculty of Medicine, University of Porto, Porto, Portugal.
- 2
- MMED, Master's Degree in Medicine, University of Porto, Porto, Portugal.
- 3
- i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, University of Porto, Porto, Portugal.
- 4
- Department of Child Psychiatry Consultation, Centro hospitalar de São João (CHSJ) Porto, Porto, Portugal.
- 5
- Department of Neurogenetic Consultation, Centro hospitalar de São João (CHSJ) Porto, Porto, Portugal.
Abstract
BACKGROUND:
Autism spectrum disorders (ASD) affect many children with an estimated prevalence of 1%. Array-comparative genomic hybridization (CGH) offers significant sensitivity for the identification of submicroscopic chromosomal abnormalities and it is one of the most used techniques in daily practice. The main objective of this study was to describe the usefulness of array-CGH in the etiologic diagnosis of ASD.METHODS:
Two-hundred fifty-three patients admitted to a neurogenetic outpatient clinic and diagnosed with ASD were selected for array-CGH (4 × 180K microarrays). Public databases were used for classification in accordance with the American College of Medical Genetics Standards and Guidelines.RESULTS:
About 3.56% (9/253) of copy number variations (CNVs) were classified as pathogenic. When likely pathogenic CNVs were considered, the rate increased to 11.46% (29/253). Some CNVs apparently not correlated to the ASD were also found. Considering a phenotype-genotype correlation, the patients were divided in two groups. One group according to previous literature includes all the CNVs related to ASDs (23 CNVs present in 22 children) and another with those apparently not related to ASD (10 CNVs present in 7 children). In 18 patients, a next-generation sequencing (NGS) panel were performed. From these, one pathogenic and 16 uncertain significance variants were identified.CONCLUSION:
The results of our study are in accordance with the literature, highlighting the relevance of array-CGH in the genetic of diagnosis of ASD population, namely when associated with other features. Our study also reinforces the need for complementarity between array-CGH and NGS panels or whole exome sequencing in the etiological diagnosis of ASD.
Georg Thieme Verlag KG Stuttgart · New York.
- PMID:31398764
- DOI:10.1055/s-0039-1694797
