Aperçu: G.M.
Nous avons effectué une évaluation complète de la variation héréditaire rare du trouble du spectre de l'autisme (TSA) en analysant les séquences du génome complet de 2 308 personnes issues de familles comptant plusieurs enfants atteints. Nous impliquons 69 gènes dans le risque de TSA, y compris 24 nouveaux gènes de risque de TSA corrigés à l'échelle du génome et 16 nouveaux gènes de risque de TSA, soutenus pour la plupart par des variants héréditaires rares, une extension substantielle des résultats précédents. Les voies biologiques enrichies pour les gènes hébergeant des variants hérités représentent l'organisation du cytosquelette et le transport des ions, qui sont différentes des voies impliquées dans des études antérieures. Néanmoins, les gènes de novo et hérités contribuent à un réseau d'interaction protéine-protéine commun. Nous avons également identifié des variantes structurelles (SV) affectant des régions non codantes, impliquant des délétions récurrentes dans les promoteurs de DLG2 et NR3C2. La perte de la fonction nr3c2 chez le poisson-zèbre perturbe le sommeil et la fonction sociale, faisant double emploi avec les phénotypes humains liés aux TSA Ces données soutiennent l'utilité d'étudier les familles multiplexes dans l'ASD et sont disponibles sur le portail Hartwell Autism Research and Technology.
Cell. 2019 Aug 8;178(4):850-866.e26. doi: 10.1016/j.cell.2019.07.015.
Inherited and De Novo Genetic Risk for Autism Impacts Shared Networks
Ruzzo EK1, Pérez-Cano L2, Jung JY3, Wang LK1, Kashef-Haghighi D3, Hartl C4, Singh C5, Xu J5, Hoekstra JN1, Leventhal O1, Leppä VM2, Gandal MJ1, Paskov K3, Stockham N3, Polioudakis D2, Lowe JK1, Prober DA5, Geschwind DH6, Wall DP7.
Author information
- 1
- Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, Semel Institue, David Geffen School of Medicine, UCLA, Los Angeles, CA, USA; Center for Autism Research and Treatment, Semel Institute, David Geffen School of Medicine, UCLA, Los Angeles, CA, USA.
- 2
- Department of Neurology, David Geffen School of Medicine, UCLA, Los Angeles, CA, USA.
- 3
- Department of Pediatrics, Division of Systems Medicine, Stanford University, Stanford, CA, USA; Department of Biomedical Data Science, Stanford University, Stanford, CA, USA.
- 4
- Bioinformatics IDP, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA, USA.
- 5
- Division of Biology and Biological Engineering, California Institute of Technology, Pasadena, CA, USA.
- 6
- Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, Semel Institue, David Geffen School of Medicine, UCLA, Los Angeles, CA, USA; Center for Autism Research and Treatment, Semel Institute, David Geffen School of Medicine, UCLA, Los Angeles, CA, USA; Department of Neurology, David Geffen School of Medicine, UCLA, Los Angeles, CA, USA; Department of Human Genetics, David Geffen School of Medicine, UCLA, Los Angeles, CA, USA. Electronic address: dhg@mednet.ucla.edu.
- 7
- Department of Pediatrics, Division of Systems Medicine, Stanford University, Stanford, CA, USA; Department of Biomedical Data Science, Stanford University, Stanford, CA, USA. Electronic address: dpwall@stanford.edu.
Abstract
We performed a comprehensive assessment of rare inherited variation in autism spectrum disorder
(ASD) by analyzing whole-genome sequences of 2,308 individuals from
families with multiple affected children. We implicate 69 genes in ASD
risk, including 24 passing genome-wide Bonferroni correction and 16 new
ASD risk genes, most supported by rare inherited variants, a substantial
extension of previous findings. Biological pathways enriched for genes
harboring inherited variants represent cytoskeletal organization and ion
transport, which are distinct from pathways implicated in previous
studies. Nevertheless, the de novo and inherited genes contribute to a
common protein-protein interaction network. We also identified
structural variants (SVs) affecting non-coding regions, implicating
recurrent deletions in the promoters of DLG2 and NR3C2. Loss of nr3c2
function in zebrafish disrupts sleep and social function, overlapping
with human ASD-related phenotypes. These data support the utility of
studying multiplex families in ASD and are available through the
Hartwell Autism Research and Technology portal.
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- PMID:31398340
- DOI:10.1016/j.cell.2019.07.015