Le variant génétique rs17225178 dans le gène ARNT2 est associé au syndrome d'Asperger

Traduction: G.M.

Mol Autism. 2015 Feb 27;6:9. doi: 10.1186/s13229-015-0009-0. eCollection 2015.

Genetic variant rs17225178 in the ARNT2 gene is associated with Asperger Syndrome

Di Napoli A¹, Warrier V¹, Baron-Cohen S², Chakrabarti B³.

Author information

• ¹Department of Psychiatry, Autism Research Centre, University of Cambridge, Douglas House, 18B Trumpington Road, Cambridge, CB2 8AH UK.
• ²Department of Psychiatry, Autism Research Centre, University of Cambridge, Douglas House, 18B Trumpington Road, Cambridge, CB2 8AH UK ; Cambridgeshire and Peterborough NHS Foundation Trust, CLASS Clinic, Cambridge, UK.
• ³Centre for Integrative Neuroscience and Neurodynamics, School of Psychology and Clinical Language Sciences, University of Reading, Reading, UK.

Abstract

BACKGROUND:

Autism Spectrum Conditions (ASC) are neurodevelopmental conditions characterized by difficulties in communication and social interaction, alongside unusually repetitive behaviours and narrow interests. Asperger Syndrome (AS) is one subgroup of ASC and differs from classic autism in that in AS there is no language or general cognitive delay. Genetic, epigenetic and environmental factors are implicated in ASC and genes involved in neural connectivity and neurodevelopment are good candidates for studying the susceptibility to ASC. The aryl-hydrocarbon receptor nuclear translocator 2 (ARNT2) gene encodes a transcription factor involved in neurodevelopmental processes, neuronal connectivity and cellular responses to hypoxia. A mutation in this gene has been identified in individuals with ASC and single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been nominally associated with AS and autistic traits in previous studies.
Les conditions du spectre autistique (TSA) sont des conditions du développement neurologique caractérisé par des difficultés de communication et d'interaction sociale, aux côtés de comportements répétitifs et des intérêts inhabituellement restreints. Le syndrome d'Asperger (AS) est un sous-groupe du TSA et diffère de l'autisme classique en ce que qu'il n'y a pas de retard de langage ou cognitif général. Les facteurs génétiques, épigénétiques et environnementaux sont impliqués dans le TSA et les gènes impliqués dans la connectivité neuronale et le développement neurologique sont de bons candidats pour l'étude de la sensibilité au TSA. Le gène de  translocation nucléaire du récepteur aryl-hydrocarboné 2 (ARNT2) code un facteur de transcription impliqué dans les processus du développement neurologique, la connectivité neuronale et les réponses cellulaires à l'hypoxie. Une mutation dans ce gène a été identifiée chez les personnes avec TSA et des polymorphismes nucléotidiques simples (PNS) ont été associés à nominalement au SA et aux traits autistiques dans les études antérieures.

METHODS:

In this study, we tested 34 SNPs in ARNT2 for association with AS in 118 cases and 412 controls of Caucasian origin. P values were adjusted for multiple comparisons, and linkage disequilibrium (LD) among the SNPs analysed was calculated in our sample. Finally, SNP annotation allowed functional and structural analyses of the genetic variants in ARNT2. We tested the replicability of our result using the genome-wide association studies (GWAS) database of the Psychiatric Genomics Consortium (PGC).

RESULTS:

We report statistically significant association of rs17225178 with AS. This SNP modifies transcription factor binding sites and regions that regulate the chromatin state in neural cell lines. It is also included in a LD block in our sample, alongside other genetic variants that alter chromatin regulatory regions in neural cells.
Nous rapportons une association statistiquement significative du rs17225178 avec le SA. Ce PNS modifie les sites et les régions qui régulent l'état de la chromatine dans des lignées cellulaires de neurones de liaison du facteur de transcription. Il est également inclus dans un bloc de déséquilibre de liaison DL dans notre échantillon, aux côtés d'autres variantes génétiques qui modifient les régions régulatrices de la chromatine dans les cellules neurales.

CONCLUSIONS:

These findings demonstrate that rs17225178 in the ARNT2 gene is associated with AS and support previous studies that pointed out an involvement of this gene in the predisposition to ASC.
Ces résultats démontrent que rs17225178 dans le gène ARNT2 est associé au SA et soutient les études précédentes qui soulignaient une implication de ce gène dans la prédisposition au TSA.

PMID: 25745553