Efficacité diagnostique et nouvelles variantes du "trouble du spectre de l'autisme" isolé et complexe à l'aide du caryotypage moléculaire

Aperçu: G.M.

Le "trouble du spectre de l'autisme" (TSA) est un groupe de troubles du développement neurologique se présentant sous la forme d'un TSA isolé ou sous des formes plus complexes, où un phénotype clinique plus large comprenant le retard du développement et la déficience intellectuelle est présent. Les deux formes, isolées et complexes, ont une composante génétique causale significative et les variations de nombre de copies génomiques submicroscopiques (CNV) sont le facteur génétique identifiable le plus commun chez ces personnes. Les données sur les tests de puces à ADN dans les cohortes de TSA s'accumulent toujours et de nouveaux locus sont souvent identifiés; par conséquent, l'équipe a cherché à évaluer l'efficacité diagnostique de la méthode et la pertinence de sa mise en œuvre dans les tests génétiques de routine chez les patients avec un diagnostic de TSA (dTSA). 

Une analyse de CNV à l'échelle du génome utilisant les puces à ADN Agilent a été réalisée dans un groupe de 150 personnes avec un dTSA isolé ou complexe.  

Au total, 11 CNV pathogènes (7,3%) et 15 variants (10,0%) de signification inconnue (VOUS) ont été identifiés, avec la plus forte proportion de CNV pathogènes dans le sous-groupe des personnes avec dTSA complexes (14,3%).

Parmi les CNV de signification inconnue, quatre VOUS impliquaient des gènes avec une corrélation possible avec les TSA, à savoir les gènes SNTG2, PARK2, CADPS2 et NLGN4X. L'efficacité diagnostique de l'aCGH dans notre cohorte était comparable à celle des cas précédemment rapportés et identifiés d'une proportion importante de cas de TSA génétique.  

Malgré le continuum des études publiées sur les tests CNV dans les cohortes de TSA, un nombre considérable de CNV de VOUS est encore en cours d'identification, soit 10,0% dans notre étude.

J Appl Genet. 2018 Mar 21. doi: 10.1007/s13353-018-0440-y.

Diagnostic efficacy and new variants in isolated and complex autism spectrum disorder using molecular karyotyping

Lovrečić L¹, Rajar P², Volk M², Bertok S³, Gnidovec Stražišar B⁴, Osredkar D⁴, Jekovec Vrhovšek M⁴, Peterlin B².

Author information

1

Clinical Institute of Medical Genetics, University Medical Centre Ljubljana, Slajmerjeva 4, 1000, Ljubljana, Slovenia. lucalovrecic@gmail.com.

2

Clinical Institute of Medical Genetics, University Medical Centre Ljubljana, Slajmerjeva 4, 1000, Ljubljana, Slovenia.

3

Department of Pediatric Endocrinology, Diabetes and Metabolic Diseases, Division of Paediatrics, University Medical Centre Ljubljana, Bohoriceva 28, 1000, Ljubljana, Slovenia.

4

Department of Child, Adolescent and Developmental Neurology, Division of Paediatrics, University Medical Centre Ljubljana, Bohoriceva 28, 1000, Ljubljana, Slovenia.

Abstract

Autism spectrum disorder (ASD) is a group of the neurodevelopment disorders presenting as an isolated ASD or more complex forms, where a broader clinical phenotype comprised of developmental delay and intellectual disability is present. Both the isolated and complex forms have a significant causal genetic component and submicroscopic genomic copy number variations (CNV) are the most common identifiable genetic factor in these patients. The data on microarray testing in ASD cohorts are still accumulating and novel loci are often identified; therefore, we aimed to evaluate the diagnostic efficacy of the method and the relevance of implementing it into routine genetic testing in ASD patients. A genome-wide CNV analysis using the Agilent microarrays was performed in a group of 150 individuals with an isolated or complex ASD. Altogether, 11 (7.3%) pathogenic CNVs and 15 (10.0%) variants of unknown significance (VOUS) were identified, with the highest proportion of pathogenic CNVs in the subgroup of the complex ASD patients (14.3%). An interesting case of previously unreported partial UPF3B gene deletion was identified among the pathogenic CNVs. Among the CNVs with unknown significance, four VOUS involved genes with possible correlation to ASD, namely genes SNTG2, PARK2, CADPS2 and NLGN4X. The diagnostic efficacy of aCGH in our cohort was comparable with those of the previously reported and identified an important proportion of genetic ASD cases. Despite the continuum of published studies on the CNV testing in ASD cohorts, a considerable number of VOUS CNVs is still being identified, namely 10.0% in our study.

PMID:29564645

DOI:10.1007/s13353-018-0440-y