Aperçu: G.M.
Bien
que le séquençage complet de l'exome soit l'étalon-or pour le diagnostic des troubles du
développement neurologique, il reste coûteux pour certains centres
génétiques.
Cette étude, rapporte l'expérience de deux centres génétiques
cliniques utilisant l'exome médical (Note de traduction : dans un contexte médicale de routine 99% de tous les gènes médicalement pertinents d’un patient sont étudiés en une seule analyse) pour le diagnostic des troubles du
développement neurologique auprès de 216 patients.
Les chercheurs ont séquencé des échantillons de probands et de leurs parents (si disponibles) avec le kit de séquençage Illumina TruSight One. L'équipe a trouvé des variants pathogènes ou susceptibles d'être pathogènes
chez 56 patients témoins, pour un rendement diagnostique global de
25,9%.
Les résultats suggèrent que l'utilisation de l'exome médical est une
stratégie précieuse pour les patients ayant une déficience
intellectuelle lorsqu'un séquençage complet ne peut pas être utilisé
comme outil de diagnostic de routine.
Clin Genet. 2017 Jul 14. doi: 10.1111/cge.13102.
Using medical exome sequencing to identify the causes of neurodevelopmental disorders: experience of two clinical units and 216 patients
Chérot E1,2, Keren B3,4,5, Dubourg C2,6, Carré W2, Fradin M1, Lavillaureix A3, Afenjar A7,8, Burglen L8, Whalen S8, Charles P3,7,4, Marey I3,7,4, Heide S3,7,4, Jacquette A3,7,4, Heron D3,7,4, Doummar D9,10,5, Rodriguez D11,9,10,5, Billette de Villemeur T9,5, Moutard ML9,5, Guët A12, Xavier J13,14, Périsse D13, Cohen D13,14, Demurger F1, Quélin C1, Depienne C3,15, Odent S1,6, Nava C3,15, David V2,6, Pasquier L1,16, Mignot C3,7,4.
Author information
- 1
- Service de Génétique Médicale, CHU Hôpital Sud, CLAD Ouest, 35203, Rennes, France.
- 2
- Laboratoire de Génétique moléculaire et Génomique, CHU Pontchaillou, Rennes, France.
- 3
- AP-HP, Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique, 75013, Paris, France.
- 4
- Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, 75013, Paris, France.
- 5
- Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'ConCer-LD' UPMC, Paris, France.
- 6
- CNRS UMR 6290 (IGDR), Université de Rennes 1, France.
- 7
- Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Paris, France.
- 8
- APHP, GHUEP, Hôpital Armand Trousseau, Centre de Référence 'Malformations et maladies congénitales du cervelet', Paris, France.
- 9
- AP-HP, Service de Neuropédiatrie, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.
- 10
- AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Centre de Référence Neurogénétique de l'Enfant à l'adulte, Paris, France.
- 11
- Département de Génétique, APHP, GHUEP, Hôpital Armand-Trousseau, Paris, France.
- 12
- AP-HP, Service de Pédiatrie, Hôpital Louis Mourier, Colombes, France.
- 13
- AP-HP, Department of Child and Adolescent Psychiatry, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière et University Pierre and Marie Curie, Paris, France.
- 14
- Sorbonne Universités, UPMC, CNRS UMR 7222, Institut des Systèmes Intelligents et Robotiques, France.
- 15
- INSERM U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, F-75013, Paris, France.
- 16
- INSERM CIC pédiatrique 1414, CHU Pontchaillou, 35000, Rennes, France.
Abstract
Though
whole exome sequencing is the gold standard for the diagnosis of
neurodevelopmental disorders, it remains expensive for some genetic
centers. Commercialized panels comprising all OMIM-referenced genes
called "medical exome" constitute an alternative strategy to whole exome
sequencing, but its efficiency is poorly known. In this study, we
report the experience of two clinical genetic centers using medical
exome for diagnosis of neurodevelopmental disorders. We recruited 216
consecutive index patients with neurodevelopmental disorders in two
French genetic centers, corresponded to the daily practice of the units
and included non-syndromic intellectual disability (n=33), syndromic
intellectual disability (n=122), pediatric neurodegenerative disorders
(n=7) and autism spectrum disorder
(n=54). We sequenced samples from probands and their parents (when
available) with the Illumina TruSight One sequencing kit. We found
pathogenic or likely pathogenic variants in 56 index patients, for a
global diagnostic yield of 25.9%. The diagnosis yield was higher in
patients with intellectual disability as the main diagnosis (32%) than
in patients with autism spectrum disorder
(3.7%). Our results suggest that the use of medical exome is a valuable
strategy for patients with intellectual disability when whole exome
sequencing cannot be used as a routine diagnosis tool.
This article is protected by copyright. All rights reserved.
- PMID:28708303
- DOI:10.1111/cge.13102
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