A brain region-specific predictive gene map for autism derived by profiling a reference gene set

Traduction : G.M.


Une carte  génétique des régions spécifiques du cerveau prédictive de l'autisme obtenue par profilage d'un ensemble de gènes de référence.
Kumar A, CC Swanwick, Johnson N, Menashe I, Basu SN, Bales ME, Banerjee-Basu S.


Source
MindSpec, McLean, Virginie, Etats-Unis d'Amérique.


Résumé

Les fondements moléculaires de  troubles psychiatriques  complexes  tels que les troubles du spectre autistique (TSA) restent largement non résolus.

De plus en plus, les variations structurelles des  loci chromosomiques distinctifs sont impliquées dans les TSA, élargissant l'espace de recherche pour son étiologie des maladies. Nous avons exploité la grande hétérogénéité génétique de TSA afin d'établir une carte prédictive de gènes candidats par une approche intégrée en bioinformatique. L'utilisation d'un ensemble de référence de 84 gènes rares et candidat syndromiques des TSA  (AutRef84), nous avons construit un profil composite de référence basé sur des analyses à la fois fonctionnelle et d'expression.

Tout d'abord, nous avons créé un profil fonctionnel de AutRef84 en effectuant une analyse Gene Ontology (GO)  qui englobe trois domaines principaux: 1) la neurogenèse / projection, 2) l'adhésion cellulaire, et 3) l'activité des canaux ioniques. 

Deuxièmement, nous avons construit un profil d'expression des AutRef84 en effectuant une analyse DAVID qui a trouvé un enrichissement dans des régions critiques du cerveau pour le traitement des informations sensorielles (bulbe olfactif, le lobe occipital), les fonctions exécutives (cortex préfrontal), et la sécrétion de l'hormone (l'hypophyse).

La spécificité de la maladie de ce double  profil AutRef84  a été démontré par une analyse comparative avec le contrôle, le diabète, et des ensembles de gènes non spécifiques.

Nous avons ensuite projeté du génome humain avec la double profil  AutRef84  pour en tirer un ensemble de 460 gènes candidats potentiels pour les TSA.

Fait important, la puissance de notre carte génétique prédictive a été démontré en capturant 18 gènes existants associés aux TSA   qui ne faisaient pas partie du jeu de données AutRef84 .

Les 442 restants sont les gènes putatifs entièrement nouveaux comme gènes à risque de TSA.

Ensemble, nous avons utilisé un profil composite de référence de TSA pour générer une carte prédictive de nouveaux gènes candidats TSA, qui devraient être prioritaires pour la recherche future.